該病可由數種不同的腸道病毒引起，包括科薩奇病毒A16和腸道病毒71型（E71）。
在一段時間後他們才鑑定這是腸道病毒71型，然後才向世衞組織報告。
這兩名兒童在腸道病毒71型化驗中都呈陽*反應。這種病毒導致手、足和口腔的嚴重疾患，並可能造成癱瘓、腦部腫脹甚至死亡。
這次的問題是人類腸道病毒71型，一種並不是外來的並且更容易被人理解的病菌，它能導致一種非常危險的手足口疾病。
結果腸道病毒71型的陽*率為30 38% （2 4 / 79） ，深圳地區及與深圳相鄰的東莞地區存在EV71的感染，EV71在成年人中還存在健康帶毒者，10月份存在一個EV71感染高峯。
